Alcaidesa Marina dispone de puntos de entrega de residuos peligrosos, para aceites usados, aguas de sentina, baterías y basuras que son gestionados a través de un gestor autorizado de residuos en sus instalaciones, proporcionando contenedores diferenciados para reciclaje (plásticos, vidrio, papel) en el recinto portuario.

Dispone de una depuradora en la zona de varadero donde se depuran las aguas de proceso de limpieza de las embarcaciones.

Desde sus inicios forma parte de la Oferta educativa del Ayto de la Línea de la Concepción realizando anualmente la actividad «Conoce tu puerto» en la que participan todos los años alrededor de 400 alumnos de primaria de los colegios del municipio. En esta actividad se les enseñan las especies marinas más importantes de nuestro litoral, la importancia del cuidado del medio ambiente y de la correcta gestión de los residuos para evitar sobre todo la contaminación por plásticos.

Por otro lado, la marina colabora con la Asociación Marinas de Andalucía en programas de concienciación y también colabora con Ecolocaliza, empresa de la zona dedicada a la educación ambiental y al avistamiento de cetáceos.